Po spełnieniu wymogów prawnych możliwe jest wypłacenie środków z IKZE, co wiąże się z naliczeniem 10% podatku od wypłacanej kwoty. W takim przypadku kwota wypłaty nie jest uwzględniana jako dochód w rocznym zeznaniu podatkowym PIT (w przeciwieństwie do sytuacji całkowitego zwrotu).
Przed tym istnieje również opcja zwrotu środków w dowolnym momencie, jednakże możliwy jest tylko zwrot całkowity, który skutkuje rozwiązaniem umowy i zamknięciem IKZE. Kwota zwrotu jest doliczana do dochodu w danym roku podatkowym, co powoduje wyższy podatek do zapłaty w zeznaniu PIT. Środki z całkowitego zwrotu są przekazywane na powiązany rachunek inwestycyjny. Zwrot może być dokonany wyłącznie w formie gotówkowej.